Al final conseguí el Fix Pack que necesitaba para revivir a Notes después de actualizar mi iMac a Mojave (ver documento anterior donde lo contaba).
Instalé el paquete de arreglos y aparentemente empezó a funcionar bien, pero poco a poco Notes se fue degenerando, no voy a contar todos los problemas que fueron apareciendo pero el principal era la lentitud, sobre todo en el arranque, tardaba alrededor de un cuarto de hora (no estoy exagerando), además durante ese tiempo no podía usar el ordenador, estaba frito, pero estaba vivo, me dejaba mover el puntero del ratón pero no podía seleccionar nada, incluso entraba el protector de pantalla pero una vez que arrancaba Notes podía trabajar casi "bien".
La verdad es que el ordenador me iba bastante lento, lo que he hecho es partir de cero.
Ahora uso un disco SSD para el arranque, he instalado macOS Mojave, he partido de cero con Notes.
Lo primero, intenté instalar esto:

IBM Notes 9
Social Edition
Release 9.0.1 (64-bit) SHF993
Revisión 20150916.0754-T00993SHF-EXT (Release 9.0.1 (64-bit) SHF993)
Configuración estándar

Me dio un mensaje, algo así como "necesito Java 1.8 o posterior para poder instalar este producto".
Me bajé esta versión de Java y la instalé.
Seguidamente instalé Notes sin ningún problema, todo OK pero no lo arranqué, primero instalé el Fix 901SHF993, después crucé los dedos y inicié la instalación y configuración de Notes.
La imagen superior la he puesto porque es lo único raro que he notado en la instalación, el mensaje dice " falta menos de minuto" y está por lo menos 10, el resto todo OK, va como una moto (el ordenador también).

Ahora lo que voy a hacer es arrancar con el disco interno, cargarme Notes y Java como Dios manda (usando el Uninstaller y el procedimiento para eliminar Java) y hacer una instalación limpia a ver si consigo que funcione bien, aunque yo creo que voy a usar el disco SSD para siempre jamás, pero bueno, es solo para probar.

De todas formas lo más urgente en este momento es hacer la comida, mi mujer ya me está metiendo bronca, llevo demasiado tiempo pegado al ordenador, ciao.

Este documento (publicado un par de días más tarde) explica como salir del lio:
IBM Notes and macOS Mojave no recomendable para retired 2.0 (Parte III y definitiva)